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ホメオパシーを医療行為として見る時、とかく現代医学とホメオパシーが対峙関係にあるような印象を受けます。ホメオパシーは本当に現代医学とは逆行するものなのでしょうか、または（逆行）するべきものなのでしょうか。
代替医療は現代医学では説明されない方法や説明を用いたものですが、これには多くの種類のものが含まれます。東洋医学、指圧、鍼灸、リフレクソロジー、ハーブセラピーなど、数え切れないくらい多くのものが存在します。科学的に説明ができない、または独特の科学（New Scienceとも呼ばれるようですが）なら説明できる、など現在主流の科学とは別のものとして解釈されているものです。世の中に科学では今のところ解明できないことがあるなら、今の科学以外のもので説明ができるものがあっても不思議はないではないかという議論があるのです。しかし、それならば逆に、現代の科学でしか説明できない、または現代の科学ならよりよく説明できることがあっても不思議はないのではないでしょうか。
もし代替医療のうちに数えられるなら、宗教的な祈りによるヒーリングは現代の科学の立場からすれば極めつけのNew Scienceということになるかもしれません。しかし、これは何世紀にもわたって行われてきたことで、確かに医学的に言うところの効き目は出ないこともあるようですが、効き目があったという主張も多くあります。非科学的と言うことで却下するのは簡単ですが、反証するのも大変難しいことと思われます。しかしながら、このような祈りのヒーリングにおいても現実的な警鐘は鳴らされているのです。「祈りだけで病気が治るとかたくなに信じるのではなく、適切なときに適切な処置を受けるべきだ」というのです。しかしこれをして、「ということは、やはり科学的な医療のほうが正しいということだ」ということにはか必ずしもならないと思われます。実際、必要なところで必要なことを、適切なところで適切なことを、という考えがもっとも大切なのではないでしょうか。ホメオパシーについても同じことが言えます。ここでは特にホメオパシーをはじめとする代替医療の信頼性を保証することや批判することを目的とはしていませんから、それはあくまでそれらが誠心誠意に基づいた方法であり、またそのよ
うな医療体制をとっているなら、という前提の下の話ですが。
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